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 保護區是台灣北部最重要的雁鴨科鳥類渡冬區，在每年的9月至次年4月，聚集了數以千計的雁鴨科鳥類。又本區位於大台北都會區內，藉由保護區的鳥類群聚的組成與變遷，可以作為淡水河流域及台北都會區環境的重要指標；並因地利之便，保護區成為大台北都會區的學校及鄰近社區的戶外教學場所，提供與居民自身息息相關的生態和環境教育。
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 本區位於淡水河流域中興橋至華中橋段，河面寬闊，漲潮時河水淹至沼澤區，看不到沙洲泥灘，退潮時河水在河中線以西流動，中線以東則露出泥灘供水鳥棲息、覓食。植物種類共有17科41種，而鳥類的分布與植群的分布有關；滿潮時，雁鴨會進入以五節芒、蘆葦、茳茳鹹草、水燭、巴拉草為主的草澤區遊憩及覓食；鷸科、雁鴨科、鷗科、鷺科等鳥類多棲息於臨近水邊的濱水植物區、沙洲植物區及草澤植物區；而秧雞類、鶯類則多分布於高莖草本區。
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野生動物保護區位於淡水河流域大漢溪和新店溪交界處，北起中興橋，南至華中橋間，東以台北市 (萬華區) 的河濱公園外側低水護岸為界，西至台北縣、市界線之間的水域，民國85年11月台北市政府又將範圍擴大，將華江橋以南之區域劃入保護區內。本區範圍包括區內所有的草澤、泥灘及水域。保護區並與龍山、華江、雙園及華中等4座河濱公園相鄰，是以雁鴨科為主的季節性水鳥保護區。 
本保護區位於台灣北部，是秋冬季過境鳥類南遷的前線。每年9月至次年4月為冬候鳥過境期，有數以千計的雁鴨聚集於此地，以小水鴨最多，其次為琵嘴鴨。目前記錄有120種鳥類，每年10月至次年3月以雁鴨科、鷸科、鷺科及燕科為季節性優勢鳥種，本地留鳥以麻雀、白頭鶲、褐頭鷦鶯、灰頭鷦鶯、紅鳩等較常見。